(一)办公室(电子数据审计科)。负责拟订工作制度、年度工作计划、工作总结等；承担督查督办、考核等工作；负责财务和资产管理工作；负责对外联系、宣传、接待等工作；负责组织人事、干部教育、离退休干部服务管理等工作；负责机关党建、党风廉政建设、群团、信访办理等工作；负责文电、会务、保密、档案、车辆、应急、安全等日常工作；负责审计项目实施所需的各类业务、财务、管理等电子数据的归集、整理、储存；负责审计信息系统建设、管理、维护；组织开展相关审计数据分析；负责计算机审计技术的支持和培训；负责信息系统和电子数据的安全保密管理与检查；承办领导交办的其他工作。
(二)法规审理科。负责对审计项目实施情况进行督促检查,对审计项目实施质量进行管理督查,对业务部门提交的审计方案、审计结果文书以及相关资料进行审查；负责起草本单位审计业务管理制度,承担与审计业务有关规范性文件的合法性审核；承办审计听证、行政诉讼、行政复议；开展法治宣传教育；承办领导交办的其他工作。
(三)整改督查与内审管理科。负责审计规划及年度审计项目计划的编制和执行的督查,承担审计项目实施情况的统计工作；负责统筹协调、办理审计(调查)结果对外公告工作；负责被审计单位、有关部门落实审计整改的督查工作；负责审计移交线索办理情况的协调督促工作；负责起草向本级人大常委会、政府和市审计局报送的审计结果报告、审计工作报告及审计整改情况报告；负责对属于审计监督对象的单位的内部审计工作进行业务指导和监督；负责核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告；负责指导和监督国有和国有资本占控股或主导地位的企业的监事会工作；承办领导交办的其他工作。
(四)重大政策执行审计科。负责对国家和市委、市政府有关重大政策措施贯彻落实情况的审计；国家和市委、市政府投资政策贯彻执行情况的审计,承担对县属重点行业建设规划、投资计划执行和县属重大公共投资建设项目实施过程的审计监督；承办领导交办的其他工作。
(五)财政审计科。负责对本级预算执行情况和其他财政收支、本级决算(草案)编制情况进行审计；负责对本级各部门和下级政府预算执行情况、决算以及其他财政收支情况进行审计；负责对县级管理的社会保障资金、涉农资金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支进行审计；受托对国际组织和外国政府援助、贷款项目资金进行审计；负责对财政收支有关事项进行专项审计调查；承办领导交办的其他工作。
(六)企事业审计科。负责对县属国有和国有资本占控股或主导地位的企业资产、负债、损益进行审计监督；对国有企业有关事项进行专项审计调查；负责对教育、卫生健康、文化体育、民政、环保等专项资金的审计监督；负责对使用财政资金的县属事业单位和社会团体的财务收支进行审计；承担自然资源资产管理、污染防治和生态保护与修复情况审计；承办领导交办的其他工作。
(七)投资审计科。负责对县政府投资和以县政府投资为主的建设项目的预算或者概算的执行情况、工程结算、项目竣工决算进行审计；承办领导交办的其他工作。
(八)经济责任审计科(经济责任审计工作联席会议办公室)。负责经济责任审计工作联席会议的具体工作；负责对党政主要领导干部和国有企业领导人员实施经济责任审计；负责对机构设置、编制使用和城乡规划等执行情况进行审计；负责领导干部自然资源资产离任审计；承办领导交办的其他工作。
忠县审计局下设1个参照公务员法管理事业单位:忠县审计中心。主要职责为:1.承担审计业务的事务性工作。主要包括承担主管部门安排的投资类、行政及企事业类、专项调查类等审计业务的事务性工作。2.承担审计信息数据工作。主要包括承担审计信息系统建设维护,为审计工作提供大数据技术支持,以及相关数据资料的采集、整理和分析等工作。3.为审计计划提供技术保障。主要包括为审计规划和年度审计项目计划的编制提供技术保障服务。
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